多发于低洼、潮湿的地块，香菜根系发病后，主根呈黄褐或棕褐色，软腐，没有或几乎没有须根，用手一拔植株根系就断，地上部表现植株矮小，叶片枯黄，失去其商品性。防治方法是尽量避免在低洼地上种植，湿度不能长期过大。药剂防治以土壤处理为主，可用多菌灵1千克拌土50千克，播前撒于播种沟内，在易发病地块可结合浇水灌入重茬剂300倍液。因根腐病一般都在10月份冬前发病，所以应在扣棚前进行防治，主要用“普力克”500倍液或“多菌灵”600倍液灌根。 但一般来说，5年以上没种过香菜的地块，切不可重茬。